Krásu a neopakovateľnosť skalných útvarov Súľovských skál dopĺňa bohatá flóra. Mnohé druhy sú výnimočné a vyskytujú sa iba v tomto regióne, kde dosahujú hraničné územie svojho výskytu.
Pestré mikroklimatické podmienky územia umožnili osídlenie teplomilnými druhmi na výhrevných južne orientovaných skalách, zástupcovia horskej (karpatskej) flóry našli útočisko na chladnejších tienených skalných stenách a úžľabinách na severných svahoch, niekedy aj v pomerne malej nadmorskej výške.
Podstatný vplyv na charakter flóry má aj severo – južná orientácia pohoria.
Z endemických rastlín (vyskytujúcich sa len na určitom území) je tu možné nájsť klinček lesklý, klinček peristý včasný, soldanelku karpatskú, poniklec prostredný.
Z horských a vysokohorských je to prvosienka holá, horcokvet Clusiov, zvonček maličký.
Z travertínových pramenísk sa tu vyskytuje Kortúza Matthilová, žltohlav európsky, kavyľ Ivanov (kohýlie), orichedeje,
a z reliktných rastlín tu nájdeme dryádku lístkovú,
Chránenou drevinou je tu drieň obyčajný alebo muchovník vajcovitý ker, dosahujúci výšku až 3 metre, je hojný na teplých výslniach skál a taktiež klokoč perovitý alebo ľalia zlatohlavá. Z ostatných drevín je to buk lesný a borovica lesná, smrek obyčajný, smrekovec opadavý, dub zimný, mukyňa obyčajná, javor horský, tis obyčajný.
Z tráv je najrozšírenejšia ostrevka vápnomilná, hustosrstnatá sivozelená tráva rastúca do výšky až 30 cm. K nej pristupujú ďalšie druhy ako sú hrdobradka horská, dvojštítok hladkoplodý, stokráska Micheliho, jagavka vetristá.
Na teplých miestach ostrica nízka, oman mečolistý, gulička Wilkomova, a i. Na chladnejších miestach severnej strany má prevahu ostrovka vápnomilná, na svahoch južných kostrana sivá a ostrica nízka.
Toto územie svojou rozmanitou flórou priťahovalo botanikov už od začiatku 19. storočia. Venovali mu pozornosť J. Ľ. Holuby, A. Rochel, K.Brancsik, neskôr J. Futák. Od konca 19. storočia publikovalo poznatky o flóre územia množstvo botanikov, z nich vynikali najmä stredoškolský učiteľ G. Runkovič a E. Fajmonová.
